然而从2002年全国中药行业贯彻执行中医药发展纲要后，2004年中医药产值比2003年下降39%，利润下降33%，特别是进行GMP整顿以来，药厂不断增加，据97年底国家医药局年终统计资料全国有中西药厂2400余家，而经过国家医药局发证认可的药厂仅786家，而98年国家药品监督局成立后，现在医药网上的全国药厂是7156家，比98年国家药监局成立后新增加了9倍多，平均每省达到200多家，而这一时期正是国家加强宏观管理的时期，药厂为了争发展，就大力开展中药提取物生产出口，使我国中药材资源遭到严重破坏，贵州、广西、云南等中药材主产地野生药材资源丰富的省份已经不够自给，有些内地药厂也到东南亚一些国家去搞资源，如江苏南京的脉络宁厂，其原料石斛就是从泰国缅甸等国进来，然后经云南思茅运到南京的，由于中成药产值、利润不断下降，从2005年开始，国家发改委至今也未再向外界宣布中成药产值，利润实现情况，向外界和媒体透漏医药增长续效主要讲的是向国外引进的生物制药。
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