但是有两种类型的癫痫可以不经过足疗程足量的药物治疗直接进行手术治疗，一种是颞叶内侧癫痫(如颞叶低级别肿瘤或海绵状血管瘤继发癫痫)首选手术治疗，因为药物治疗该种癫痫的效果很差，而手术的治愈率在90%以上。另一种情况是对于婴幼儿和儿童，特别是灾难性癫痫导致脑发育受阻(致残的概念不适用这个群体)，应提早手术，越早越好。早期手术可以明显改善患儿的认知水平，减少癫痫异常放电对大脑发育的干扰。
难治性癫痫采用的手术方式较多，归纳起来分为痫灶切除术、半球切除术、多处软膜下横切术、迷走神经刺激术等。各种手术适合不同病情的患者，具体选择那种手术方式合适需要患者在进行术前评估后才能确定。
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