其三，中国自身的科研技术水平和产业企业的科技应用水平较低，也限制了高性能计算的应用。高性能计算的主要应用领域，是那些要求具有大规模计算能力的科研机构和产业企业科研部门，只有当企业的科研水平达到一定程度才会提出这样的要求。而历史原因导致我国科研机构和产业企业的科研水平较低，一定程度上限制了高性能计算的应用。相关数据显示，欧美企业研发支出中科学研究的占比普遍超过20%，我国企业的研发支出中科学研究的支出占比仅为3%。
其四，人才缺乏也是我国高性能计算应用面临的一大挑战。培养相关的人才，需要花费大量的时间、精力和投入。在欧美国家，一个超级计算人才的市场价是200万元，这种薪酬水平是国内很多高性能计算中心无法承受的。
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