其次，缺乏与国产高性能计算产业相配套的系统和应用软件。在欧美国家的高性能计算产业，从高性能计算所需的核心处理器芯片到配套软件，再到行业推广应用，已经形成一个完整而庞大的产业链条，如Intel芯片周围集合了微软、SAP、oracle等庞大的软件产业。而国内由于系统开发工具的缺乏，以及看不到能从市场上获得快速回报，大量软件企业难以投入研发与国产高性能计算核心芯片相配套的应用软件，相关应用软件寥寥无几，因此导致国产高性能计算难以推广应用。
国家863计划高性能计算机及应用服务环境重大项目总体专家组组长钱德沛教授，在9月23日2016年高性能计算用户大会上接受采访时也表示：“当前高性能计算应用面临的最大的问题，是能不能尽快建立起中国高性能计算发展的完整生态环境。”比如，今年荣登榜首的神威?太湖之光采用了国产处理器芯片，虽然国产处理器具有高能耗、高性能的特点，但面临着应用软件缺乏、成熟商业软件无法方便运行的尴尬。
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