擎天无影脚黄麒英剧情讲述了十九世纪中叶的中国广州，政府羸弱，列强入侵，群雄并起，民不聊生。
黄麒英一个人带着儿子黄飞鸿开了一间小有名气的跌打医馆。而此时的广州黑势力马帮笼罩整个城市，他们欺行霸市，侵凌商户。镇粤将军魏无极开仓放粮，赈济百姓，得到百姓敬重。黄麒英颇受感动，自愿为其医治腿病，得到了魏将军的赏识，想聘为军医官。但黄麒英自幼受师父的影响，对清政府极为反感，不愿为官，
在一次出行中魏无极遭到马帮暗杀，黄麒英挺身而出，杀退刺客。如此黄麒英的名字传到了马帮头目马武的耳朵里，他下令除掉黄麒英。马武手下洪森因救命之恩有所顾虑，上门警告黄麒英收敛。黄麒英见洪森本性并不恶，边打边以仁义教导，彼此手下留情。
马武设“鸿门宴”宴请魏无极谈判，希望能拉魏下水，魏无极只带了黄麒英赴宴，黄麒英暗暗佩服魏无极的胆魄。马帮的生意萎缩，手下成员背离，魏无极调集重兵展开收网行动，马武身受重伤，被投入大狱。黄麒英在狱中救治马武时意外发现师父陆阿采。
原来陆阿采是太平军的骨干，太平天国失败后，清兵清除流窜的太平军余党，陆阿采意外被抓，黄麒英这才得知大名鼎鼎的一代宗师陆阿采竟然是自己的师傅喜才。狱中陆阿采向黄麒英道出魏无极不为人知的一面，当年火烧南少林时，是魏无极追杀少林派弟子，黄麒英感到震惊。
亡妻的小妹十三姨吴雪自南洋回国，找到黄麒英，口口声声要抚养外甥，吴雪虽是长辈，却只比飞鸿大上五岁。吴雪的举动搞得父子二人头大无比，飞鸿更是被套了笼头的马驹，被管得服服帖帖的。吴雪继承了家族基因，极有经商头脑，把小小医馆整治地井井有条，并使黄麒英名声大噪，求医者络绎不绝。
黄麒英找狱中的马武搜集魏无极的罪行，不料，马武被折磨疯癫。马武手下林凤仙追查妓院、烟馆、赌场等，发现了蛛丝马迹，最终查到这些场所幕后主人竟然是魏无极。魏无极对马武严刑拷打，逼供马武交出经营多年的地下帝国，占为己有。黄麒英终于相信了师父所说的一切，魏无极明为清官，实为豺狼。黄麒英愤愤不平，悔恨自己被利用，成为帮凶，他辞去了军医官的职务。魏无极心怀鬼胎，狐疑不定，暗中监视黄麒英。黄麒英吩咐林凤仙收集真凭实据，洪森则暗中保护飞鸿与十三姨。
魏无极亲自掌管了黑恶势力，他拉拢旧部强将，军事化管理，各个环节部署缜密。勾结洋人走私国宝，贩卖鸦片，敛财黑手伸向每一个角落。自林则徐禁烟之后，地下烟馆再次猖獗，百姓身心遭到毒害。
黄麒英看在眼里痛在心中，于是潜心研制戒烟丸不惜亲自试毒，不幸染上了毒瘾。陆阿采在黄麒英戒烟时强行捆绑他的双臂，黄麒英幻想着与魏无极打斗，结合虎鹤双形拳法，最终不仅戒烟成功且练成了绝技“无影脚”。至此黄麒英开始暗中开馆授徒，大批帮众慕名而来，武馆逐渐壮大起来。
黄麒英查出魏无极的阴谋，魏无极疯狂敛财购买军火，并教唆军士吸食鸦片，士兵成瘾后，魏无极只要控制住鸦片的渠道，就可以控制整个军队，自立为王。黄麒英明白只有除掉这个野心家，才能拯救万民于水火。
