清晨，百官早朝，张居正领着戚继光走到御座跟前告状。朱翊钧手捧劣质棉衣跪在李太后面前，李太后震惊。而李伟害怕担罪，竟弄出假上吊的把戏。
张居正命令开出捕单，到扬州逮捕邵大侠和胡自皋。年岁将尽，邵大侠在漕运衙门大牢中被处死，而胡自皋因有冯保说情免于一死。
春节前，张居正晋见李太后，提出要给武清伯一个惩处，此事令李太后很为难，但出以公心，她还是同意给父亲一个教训。
万历首辅张居正第30集剧情介绍听说李太后给父亲送来年礼，众皇亲都赶来庆贺，李佛当众打开层层包裹的礼盒，里头躺着的却是一把砌刀。李伟是泥瓦匠出身，太后的意思是要他不可忘本。
春去秋来，万历五年八月，山东巡抚魏廷山来京述职，谈到山东势豪大户侵占土地，隐瞒田数，张居正觉得这是朝廷最大的弊政。因此决定在山东试点清丈土地。正在他要魏廷山给皇上写本陈述清丈土地的理由时，他的故乡荆州方面派人送来急信，他的父亲张文明病死于家中。
张居正立即给皇上写手本，请求回荆州守孝三年。
鉴于朝廷局势，李太后决定让张居正夺情——即留任内阁继续柄政，此举在京城内外引起轩然大波。以李伟、许从成为首的皇亲怂恿一帮年轻官员闹事。
万历首辅张居正第31集剧情介绍翰林院编修吴中行、赵用贤两人带头上书，反对皇上让张居正夺情。皇上大怒，下令将两人抓进诏狱。张居正闻讯，赶到皇宫为两人说情，皇上不允，他又在街上会见已被抓捕的吴中行与赵用贤——这两人都是他的门生。但今日师生反目，张居正苦劝他们不见效果，一个人孤零零站在街头，流下辛酸泪水。
万历首辅张居正第32集剧情介绍皇上下旨将吴中行、赵用贤两人押往午门外广场，拷掠示众三天。一时间观者如潮。第二天，雒遵与韩揖再次上疏，其指斥比第一道更为厉害。皇上震怒，决定将四人施行廷杖并逐出京城流徙边疆。京城官员展开大营救，一时间人心惶惶。
张居正派游七打点军爷，以保护即将遭廷杖的四人。
