明空方丈劝阻众僧不要与日军发生冲突，忍辱让日军进寺进行搜查。日军大肆搜查白塔寺，但没有找到志成，柳生霸川见找不到凶手，只能撤退。
负有特殊使命的柳生霸川之同学、中国通静云僧人以礼佛为由进入寺庙，见到明空等僧人在为遇害的村民超度，坚持也要参加超度，明空方丈同意，静云为日军惨无人道的行为向明空方丈道歉，明空与其谈佛谈古相见恨晚。
晚上，静云偷偷跟踪明空方丈一行人，却被监寺明远撞见，静云只好放弃跟踪的念头，假称自己迷路。鲁志成一心想要报仇，无心干活。悟尘故意为难，实为提点。鲁志成在与悟尘切磋武艺中发现原来悟尘深怀绝艺，武功高强，是个深藏不露的人。
明空带着悟因、悟果进入密室抄写华严血经，被鲁志成无意中发现，害怕秘密被暴露的悟因、悟果将鲁志成击倒。悟尘前去寻找志成，并将志成送往了尘处疗伤，途中被静云撞见，静云疑惑不已。悟尘连夜赶到普济庵向了尘师父寻求救治。
了尘用高超的医术救醒了鲁志成，杨万凤狂喜，被了尘责怪俗根未断，沉不住气。杨万凤尽心尽力照顾鲁志成，而无奈的鲁志成却一直躲避杨万凤。伤愈之后的鲁志成回到寺里继续做伙夫，在伙房照壁上发现青龙偃月刀刀法，以削面刀刻苦练习刀法。
日军烧杀抢掠，众百姓庙中避难，寺里为难民施粥。难民越来越多，明空不顾明远反对，决定收留难民，让他们免受战争之苦。
八路军团长富大龙受命带兵工厂政委田英、厂长魏红军、副厂长傅卫国受命选址兵工厂，在路上和小股日军遭遇发生枪战，鲁志成救下田英。
和尚抗日连第3集剧情介绍杨万凤偷偷带了食物前去白塔寺探望鲁志成，撞见被鲁志成救下的田英，产生误会。日军要入寺搜查田英的下落，为躲避搜捕，田英被慧远藏在藏经阁。慧远欲阻止日军的恶行，反遭船头正治杀害。
鲁志成气愤以削面刀拼命，连挫数名日本刀客。柳生霸川亲自上阵，将鲁志成击晕在地。就要取他性命时，杨万凤现身，她亦被柳生霸川打翻在地满嘴是血。就在柳生霸川下令进寺搜索时，静云出现，并以佛理斥退了柳生联队，柳生霸川带队离去，静云取得明空方丈的信任和众僧人的尊敬。
田英返回团部，向富大龙等人诉说白塔寺众僧为救她，与日军起冲突，慧远法师还因此而遇害。明空等人为慧远法师做法事，八路军王远山师长连夜赶来吊唁，建议秘密组织青年僧人成立抗日自卫队来保卫白塔寺，抵御日本人的进犯，明空方丈拒绝。
静云在寺门口敲木鱼超度亡灵，被明空方丈请进白塔寺。一群日本假僧人受到柳生霸川的派遣，以礼佛之名进入殿内，以及藏经阁内。
和尚抗日连第4集剧情介绍这群假僧人四处乱闯意在寻找镇寺之宝，却意外发现青龙偃月刀和《华严经》，与众僧发生冲突，被狼狈赶出白塔寺。军统特务残月假扮成僧人，潜入白塔寺搜寻镇寺之宝《华严经》和青龙偃月刀的下落。残月要求挂单白塔寺，与静云共处一室。
慧远大师舍利安放吉日，为了向寺庙挑衅，继而进寺抢掠夺宝，穿着和服的船头正治等日军故意在庙门前跳日本舞，和慰安妇调笑，杀鸡烧肉，众僧人无不愤怒，又无可奈何。静云出手解围。船头正治等人灰溜溜离去。离去的路上，杨万凤怒杀落单日本兵。
柳生霸川得知静云阻止了船头正治他们在白塔寺的挑衅，派人下战贴约静云在东台山顶比试刀法。鲁志成想向静云求艺，静云与鲁志成比试，并提点鲁志成刀法。鲁志成偷偷跑去看静云与柳生霸川比武，深感获益良多。静云有意相让，两人战成平手。
静云怒斥柳生，战争归战争，不能乱了佛门清静，喝斥其随意杀戮，并说自己在五台山的目的就是找到华严血经并献给天皇陛下，声称只有在精神上彻底统治中华民族才是中日共荣最伟大的胜利。柳生霸川表面认可心里却认为只有武力征服中国才行。
柳生霸川决心夺取青龙偃月刀，浅见建议从日本急召三十名本土的影子武士，柳生霸川决定一试。
