严嵩严厉示下严世蕃，为防民变田价不能太低，并责成胡宗宪处理。严世蕃、罗龙文和鄢懋卿一脸的不情愿，还称自己没有与郑泌昌、何茂才同流。沈一石把买田的粮赈济了灾民，田眼见着买不成了，郑泌昌、何茂才大骂沈一石。但二人更担心关在淳安的井上十四郎把事情捅出去，都得诛灭九族。于是郑泌昌指使何茂才赶在胡宗宪之前，去淳安把井上十四郎押回来，自己则去找杨金水。
杨金水正准备让从京城赶来的锦衣卫抓捕沈一石。听说沈一石把买田的粮赈济灾民后，杨金水因恐自己密报失误有欺君之罪，要将事情查个水落石出。不想郑泌昌竟装死抵赖，无奈之下杨金水请出锦衣卫朱七。朱七一出，郑泌昌为逃脱罪名谎称自己并不知道沈一石打的什么主意。郑泌昌、杨金水二人又合谋，上疏朝廷把责任推卸在沈一石身上。
朱七也向淳安百姓暗访到齐大柱通倭实属冤枉，并且老百姓十分感激嘉靖帝“送粮赈灾”和裕王给他们派来了为民作主的海瑞。但老百姓还是不肯借粮，原因是怕种丝已晚，到时收不了多少丝、还不了粮，官府还是要收土地。
淳安大堂之上，何茂才带着自己的爪牙蒋、徐两个千户，欲以严刑威胁海瑞交出“通倭”人犯。胡宗宪的亲兵当即出面制止，海瑞并不畏强暴、据理力争。
大明王朝1566第14集剧情介绍海瑞言可以将真正的倭寇井上十四郎交给何茂才带回省里，但被冤枉的齐大柱按律只应鞭笞二十，然后释放。何茂才只得认可，暗中命蒋、徐千户杀了井上十四郎灭口。
海瑞当众鞭笞了齐大柱等人，让百姓明白其是在为大家受过，并解释种桑三年免税，比种粮的收成更大。得救的齐大柱等人深为感动，也帮海瑞一起说服百姓。同时在海瑞的劝说下，齐大柱等人投奔戚家军与倭寇作战，杀敌报国。
谭纶将李时珍请到了淳安，并告知海瑞海母及其家人也即将接到淳安。让李时珍一面为淳安的灾民防治疫情，一面为海瑞夫妇开出孕育的药方，为海家留后。谭纶急于赶到前方抗倭军营，临行前与海瑞交待了时局：抵制“改稻为桑”打乱了严党的阵脚，沿海倭寇最近必定会有举动，东南即将有大战事。仗要打赢，就要花大钱。但国库是空的，嘉靖帝还要靠严嵩父子支撑局面，他们拿不出钱便会拿有钱的开刀。据胡宗宪分析，眼下有巨财能填补国库亏空的只有沈一石，朝廷拿他下手是迟早的事情。
事情果如胡宗宪所料，嘉靖帝召见严嵩，并不谈国事，只谈父子，但暗示严嵩、吕芳管好自己的儿子。严嵩当即着严世蕃查抄沈一石的家，以筹募军粮送往胡宗宪大营。
大明王朝1566第15集剧情介绍沈一石勾结郑泌昌、何茂才瞒着杨金水，拿芸娘去施美人计，还打着织造局的牌子假装买田却把粮都给赈了，两件事捅的都是天大的窟窿。杨金水正等着沈一石的交待，沈一石却依旧平和。原来沈一石也有隐情，自己买了田、产了丝织成绸一多半要去补国库的亏空，剩下的利润还要给郑泌昌、何茂才以及京里严党的贪官们分成，只能与二人勾结用十石稻谷买一亩田，才能不赚不赔。沈一石一开始打着织造局的牌子去买田，是故意不让杨金水知道，让其向朝廷奏本，如有意外，朝廷也会对杨金水更加深信不疑。杨金水了解了内情，对郑泌昌、何茂才也是恨之入骨。
内阁拿办沈一石抄没其家产的急递到了浙江。着令即刻将所抄私财悉数调拨军用!郑泌昌、何茂才又将此事推给了高翰文。沈一石点火自焚。但四箱行贿账册却落到了郑泌昌、何茂才手里。不想，浙江首富沈一石早已被盘剥得所剩无几。沈一石共有作坊二十五、织机三千，每日可织丝绸五百四十八匹。但库存生丝仅能维持作坊织绸二十天，共计一万零九百六十匹，距朝廷卖与西洋所需之五十万匹相差四十八万九千四十匹，库存丝绸也仅剩一百匹!郑泌昌、何茂才见事情败露，请求杨金水上奏朝廷让自己戴罪立功，二人再想尽办法筹集军饷。
在日本倭寇为患明朝东南沿海已经十年的时候，也是明朝内政日益腐败的时候，一场由浙直总督胡宗宪坐镇部署、名将戚继光的“戚家军”为主力的抗倭决战，在这一年在中国东南沿海开始了!
大明王朝1566第16集剧情介绍高翰文查抄沈一石的账册和家财的下落，竟一无所获，便与同来的锦衣卫分头赶往巡抚衙门和织造局。郑泌昌、何茂才正火烧账册、毁灭证据，将高翰文挡在巡抚衙门外。但让郑泌昌和何茂才万万没有想到的是杨金水还有同样四口木箱，装着沈一石二十年来所有的账册，原封不动送往京城交给吕芳，上奏嘉靖帝。
郑泌昌、何茂才等浙江的官员贪墨巨资，现在又拿不出军饷供应前方抗倭。为给朝廷一个交待，密谋移罪高翰文“办案不力，账目被销毁，大量赃款下落不明”，让其做替罪羊。
倭寇在东南沿海烧杀淫掠，戚家军数千将士在已经断粮数日后仍然坚守苦待、伺机杀敌!东南局势危急，高翰文押着仅有的军需到前方见了胡宗宪。胡宗宪敏锐地断定不出一个月，朝廷就会在浙江掀起大案，劝高翰文立刻找朝廷派来的锦衣卫主动请罪，请他们把自己槛送京师!
杨金水将沈一石的死讯告诉给了芸娘，言沈一石临死前让自己把芸娘托付给了高翰文，并把一个生满铜锈、上了锁的铜匣交给了芸娘，说是让她和高翰文保命的。
每次戚家军击退倭寇后，总会留下一些无家可归的妇女，她们大都留下做了戚家军的军户。戚继光将带领百姓奋勇杀敌立了头功的齐大柱，引见给了胡宗宪。此时的胡宗宪将随身的宝剑赠给了齐大柱，流露出些许无奈的退意。
