孙济生夜探药库，却不慎被守卫发现，被守卫用枪击中左臂，危急之下从窗外的水管滑下。幸好罗湛及时赶到救下济生。两人到达安全地后，取出子弹，所幸没有伤到骨头。
田中得知，药库被人查探，而查探之人却被人救走，大发雷霆之际，下令一定要找出那人，不能让合作医院的秘密外泄。段天峰和田中讨论后怀疑，闯入药库的应该是南方政府军派到医院的卧底。
眼看追查越来越紧，孙济生找到贞，希望贞能够帮忙掩盖事实的真相，并告诉贞中日合作医院正在拿活人做细菌试验，贞大惊之下决定先帮孙济生渡过难关。
孙济生发现医院秘密的事最终还是纸包不住火，被段天峰和田中看出了端倪。他的革命党人的身份也已经暴露，满城风雨之下，罗湛与他商议先去找贞帮忙，贞这才得知了罗湛的真实身份和良苦用心。
孙济生的逮捕令已经贴的满城都是，却始终抓不到本人，段天峰和白小蝶出于不同的目的都在寻找生，蝶在意外听到白癞痢和罗湛的谈话猜测孙济生躲在震东武馆，于是决定夜里暗中探访，不慎被马大娘发现，在打斗中，大娘看见小蝶见都的疤痕，顿时呆若木鸡，任她自行离去。
马永贞第39集剧情(大结局)田中和段天峰均猜测孙济生躲在震东武馆，田中派金田武去暗杀马永贞，两人一场生死之战，金终不敌贞，战败后切腹自杀。
段天峰带人搜索震东武馆未果，将贞带回大帅府囚禁在地牢之中，翠苦劝父亲无果，将贞放出。贞决定全力以赴击破段、田阴谋，柳在生死关头真情流露，两人终于解开心结，翠在一边不禁自伤。
翠得悉父亲阴谋，争执离开，亦发现已无颜面对贞。贞托小丁将柳送离上海，柳却决定陪贞一起面对困境。
段大帅、白癞痢、田中终于勾结在一起，白得知细菌试验祸害国人，激起一丝良心，使计破坏试验妄想一并铲除马永贞，称霸上海。
马大娘找到蝶，母女相认唏嘘不止。白癞痢趁人之危，大娘惨死，却为能看到女儿深感欣慰。
罗和贞在仓库遇到刘勇，贞以大义打动，刘勇进退两难，自杀引爆了火药和细菌仓库一起终结。田中阴谋被碎，躲进大帅府枪杀了段天峰后自杀，翠晚到一步，只听到父亲遗言，去七重天救贞。
木村跑进剧院意欲强暴柳，一番拉扯，竟被柳的簪子刺入后脑，一代高手死于意外。
贞在七重天找到白癞痢，经过一番苦斗白被制服，此时小蝶闯入，说出母亲一眼，要贞饶了白，贞悲痛答应，却被白反击得
手。贞临死，抱住白一起跳窗。柳菊池恰好赶到见贞最后一面，贞死在心爱之人怀中，柳自杀殉情，蝶望着死去的大哥和父亲发出一声悲嚎。
上海历经了这次大事终于归于平静，翠出家，罗湛去了南方，蝶也跟着孙济生离开了这个是非之地……(全剧终)
