崔方通过小太监冯谨知道了李行义与杨敬妃的奸情，并发现了炼丹秘室的丹药有剧毒，便马上报告皇上。嘉靖在一天之内得知李行义和景王这两个自己最亲近的人原来都在暗地里要背叛自己，这无异于晴天霹雳，嘉靖的精神濒临崩溃。
嘉靖回过神来之后，决定严惩背叛者。景王被关入大牢，从此疯了。在皇宫大殿，嘉靖当着李行义的面将有毒丹药赐给杨敬妃吃下，眼睁睁看着她吐血而亡。然后嘉靖质问李行义为什么要害自己。李行义如实相告，自已是为家人复仇。嘉靖将李行义关入死牢，自己也因此一病不起，传李时珍前来医治，却发现李时珍已失踪。
斯语和黄一丰等人四处寻找未果，焦急万分。
李时珍第46集剧情介绍徐长明从李行义那里得知李时珍已经死了，斯语等人悲痛万分。大家正在给李时珍办丧事的时候，李时珍却奇迹般地回来了。原来，李时珍掉下山崖之后，幸亏被八戒师父发现。李时珍与斯语相见，相拥而泣。李时珍来到大牢之中看望李行义。李行义已经被判处凌迟处死，于是他提出让李时珍帮忙，让他体面地死去。李时珍设法给他一杯药酒，等到行刑时，李行义已安乐死去。
嘉靖病愈后看见发疯的景王，便交待崔方，让他离开人间少受些罪。然后召见李时珍，想让他为自己寻找长寿之法，但李时珍却向皇上提出自己已经决意要离开太医院，回家乡去安心修本草。嘉靖无柰，同意让李时珍离去。李时珍离京之前，将一本医药笔记交给徒弟金基泰，让他带回朝鲜，将中华医药学发扬光大。(大结局)
李时珍第47集剧情介绍(大结局)李时珍回蕲州后，费尽周折将苌葶接回，与家人团聚，然后带着儿子建元和徒弟庞宪等人专心编修《本草》，他们还辗转湖广、江苏等地，历尽千辛万苦，寻医问药，为修本草收集大明医圣李时珍分集剧情介绍 第一手资料。万历六年，六十一岁的李时珍终于完成《本草》编修，并取名《本草纲目》。
为了此书付印，李时珍带着黄一丰东奔西走却到处碰壁，顾先生出面请王世贞为此书写序。万历十八年，金陵藏书家胡承龙见到《本草纲目》，并欣然应允出资刻印此书。此后不久，李时珍和斯语先后去世。
三年后，《本草纲目》全部刻印完毕，苌葶满意地离去。李时珍儿子建元将这部巨著进献给神宗皇帝，神宗派使者将《本草纲目》送往大明邻国，并流传至世界各地。《本草纲目》不仅对中医药学具有极大贡献，而且对世界自然科学的发展也起了巨大的推动作用(全剧终)
