但是杜嘉兴却另有安排，林家山一回到军统，就被当做是投靠共产党的罪人抓捕，林家山失望愤怒，寻机逃走。
徐德庸藏身在八路军办事处，彭克虎提出要求老幺帮忙，让老幺作证来洗刷他的冤枉。
老幺要与胡晨光成亲了，彭克虎来找她，老幺说出了真相，原来那枚诬陷徐德庸的日本勋章是老幺当铺里的死当，她将证明的账册交给了彭克虎。
胡晨光因此暴跳如雷。
徐德庸拿到了账册，胸有成竹，他找到法院，要求重审。
军统头子卓文用林家山的女助手的性命相威胁，逼他在审判大会上射杀徐德庸，林家山进退两难。杜嘉兴向上司提出质疑，发生了冲突。
林家山的女助手落入了日本人手里，被当做细菌试验的对象注射了细菌。杜嘉兴因为天良发现而赶来救她，也感染了日本人的细菌。
神枪手第27集剧情介绍林家山来到审判现场，虽然举枪瞄准了徐德庸，却一直在犹豫，这时彭克虎出现，他如释重负。然而这时审判现场又出现了意外，在老幺交给徐德庸的那本账册上早被胡晨光做了手脚，胡晨光指使手下检举徐德庸伪造证据，当堂检验确有此事，徐德庸再次被收监，自投罗网。
彭克虎认为自己再次上了老幺的当，他上门找到老幺，怒火万丈，一刀两断。
刘小姐死在日本人的细菌之下，林家山悲痛欲绝，而杜嘉兴也在弥留之际，揭露了军统高层卓文是这一切的幕后黑手，林家山决定用自己的办法伸张正义。
胡晨光觉察了林家山的行动，他全力阻止，林家山只得放弃从军统得到帮助的打算。
胡晨光利用徐德庸做筹码，要求得到那个念兹在兹的戴笠罪证，徐暖暖只得把那箱子证据交给了他。胡晨光把箱子送给段九锡，以图作为自己改换门庭的筹码，不料段九锡已经和自己的顶头上司结成了联盟，胡晨光里外不是人了，他随机应变，向卓文下跪求饶，挣扎在两个高层中间，苦不堪言。
林家山找到彭克虎帮忙，两个人联手，终于将卓文刺杀于重重保护之下。
神枪手第28集剧情介绍(大结局)卓文之死，暴露出了他与日本人的勾结，日本人正在执行的焦土计划也暴露在世人面前，胡晨光虽然贪恋官位，但是也知道轻重，他向段九锡反映，但此时的国民党正磨刀霍霍准备发动内战，顾不上关心此事。
段九锡逼胡晨光杀了徐德庸，胡晨光用自己的情感打动老幺，让她去和徐德庸和解，老幺找到彭克虎，要求彭克虎给她安排一个和解的机会，彭克虎再次相信了她，为她安排了和徐德庸的见面，然而还是伏兵四起，胡晨光派出的精锐利用这机会要制徐德庸于死地，彭克虎又气又惊，用身体挡住徐德庸，老幺知道自己又上了胡晨光的当，她扑向彭克虎，被乱枪打中，垂死之际，她让彭克虎饶胡晨光一命，因为自己有了胡晨光的孩子，胡晨光功亏一篑，又亲眼看到老幺之死，痛悔交加，疯了。
形势急剧恶化，八路军办事处要撤离北平，彭克虎和林家山去摧毁了日本人日益壮大的细菌基地，从疯狂的小林觉手中救下了北平。
了无牵挂的林家山选择了去根据地开始新的人生，徐暖暖也偷偷离开家，追随彭克虎撤离，她给爸爸徐德庸留下书信，相约在新中国相见。(全剧终)
