其实，秦始皇坑杀的是那些欺骗他多年的术士，这些术士以寻找长生不老药为名，待在秦始皇身边多年骗钱，然而几十年后秦始皇仍然没有找到不老药，一气之下将这些欺骗他的术士全部杀死，这件事情被刘邦等后世篡改，变成了焚书坑儒。
始皇三十五年，众术士依然没能找到不死之药。这时，卢生对秦始皇说，我们之所以一直找不到仙药，是因为皇上的住所让臣子们知道了，妨害了神仙。现在皇上治理天下，还没能做到清静恬淡。希望皇上所住的宫室不要让别人知道，这样，不死之药或许能够得到。”秦始皇信以为真，非但如卢生所说去做，还自称“真人”，不称“朕”。可见秦始皇对不死之药的渴望之强烈。
但术士之言乃是谎话，终有一日会被揭穿。由于担心事发被罚，侯生、卢生决定逃出咸阳。在逃之前，两人还未自己求药不成找借口：“始皇为人，天性刚戾自用，起诸侯，并天下，意得欲从，以为自古莫及己。专任狱吏，狱吏得亲幸。博士虽七十人，特备员弗用。丞相诸大臣皆受成事，倚办于上。上乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠，……天下之事无大小皆决于上，……贪于权势至如此，未可为求仙药。于是乃亡去。”
始皇听到两人私逃并且还诽谤了皇帝，大怒，指责方士“韩众等去不报，徐巿等费以巨万计，终不得药，徒奸利以相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。”“于是使御史悉案问诸生，诸生转相告引，乃自除犯禁者四百六十余人，皆坑之咸阳。”并告知天下，以惩戒后。这就是历史上所谓的“坑儒”事件。(《史记·秦始皇本纪》)
后世很多书对“坑儒”一事还有不同的记载。《文献通考·学校考》云：始皇“又令冬种瓜丽山，实生，命博士诸生就视，为伏机，杀七百余人。秦二世时，又以陈胜起，召博士计生议，坐以非所宜言者，各数十人。然此秦之于博士弟子，非惟不能考察试用之，惟恐其不澌尽泯没矣。”焚书坑儒-议坑儒 按照《史记·秦始皇本纪》的记载，所谓的“坑儒”其实是坑术士。可能里面有儒生被牵连，但此事的起因与儒生无关，即使被牵连，也是个别儒生参与其中，还不至于将此事说成是坑儒。
又《史记·儒林列传》也说“至秦之季世，焚诗书，阬术士”，也就是说，《史记》里的记载是坑术士，而不是坑儒。但据《文献通考》，秦始皇确实是坑儒了，而且是处心积虑地计划的。那到底哪一种说法是正确的呢?一般来说，对于几份史料，如果同一件事有不同的记载，则优先来考虑距离事件发生时间最近且比较权威的那一份。以这个为原则，无疑《史记》的记载应优先考虑。
再看年代稍远的《资治通鉴》的记载：“侯生、卢生相与讥议始皇，因亡去。始皇闻之，大怒曰：‘卢生等，吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我!诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。’于是御史悉案问诸生。诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十馀人，皆坑之咸阳，使天下知之，以惩后”。可以看出，与《史记》的记载相差无几。所以，秦始皇当年坑的是术士，并非儒生。原因是术士求药不成，私逃，且诽谤皇帝，而不是针对儒生。
所以这件事并不是因为秦始皇的专政，更与什么思想控制无关，秦始皇这么做不过是发泄自己被骗的愤怒而已，更何况他的做法放眼历史并不过分，如果是项羽朱元璋等皇帝，恐怕早就诛杀他们九族了。
