女子小队解除了礼堂内的炸弹危机，刘成审问假尤金，想知道尤金博士的下落，但是没有结果，刘成于是设计，派人冒充日军假装将野村救走，然而半路被野村识破。栓子要救师傅，被童玲玲发现，栓子知道了师傅和日本人的事，女子小队帮助了李师傅，原来李师傅的老婆被日本人所抓，李师傅才不得以为柳生美子做事，根据李师傅的情报，众人找到了真的尤金博士，这才知道，原来真正的军事机密都在尤金博士的孙子波利的身上，众人要去找小波利，可是被英国间谍戴维抢先救走，根据情报，戴维将波利带去了上海的英租界。
女子拆弹部队第二部剧情介绍第四十集戴维将波利藏在自己家阁楼里，刘成等赶到上海营救波利，谁知此时恰逢日本与英美正式宣战，英租界也不再安全，戴维刚想带着波利离开，刘成等人赶到，而管家则抢先一步带走了波利，原来管家被日本人蛊惑要将波利带走，千钧一发之时，女子小队将波利救走，而柳生等人赶来，在阁楼出找到了波利的手稿，这份手稿有关新型武器的制造。林海洋向薛敏坦露身份，声称自己是国军派去英国的间谍，这次回来是为了支援国军任务的，薛敏将信将疑。柳生美子的上级竹野下令，让柳生美子全力配合秋山教授的武器研究计划，而野村则希望和柳生美子回到过去，不要再参与到残忍的战争中，被柳生美子拒绝。李师傅的泥人店搬到了上海，童玲玲和薛敏带着尤金祖孙两前去投奔，而刘成和其他队员则落入了柳生美子的手中，薛敏发现以前共党的联络员老白还活着，薛敏的白鸽身份是否能因此被证实?
女子拆弹部队第二部剧情介绍第四十一集刘成和几名女子队员不幸被投入了集中营中，薛敏乔装进去想营救他们，却无果而返，刘成和戴维更是被作为枪把子，要被用来进行新型穿甲弹的测试，谁知新型穿甲弹设计有误，刘成和戴维幸免于难，秋山命令柳生美子必须找出尤金祖孙两，才能知道穿甲弹如何改造。柳生美子派人搜查尤金祖孙，童玲玲因此负伤，尤金祖孙想离开上海，童玲玲极力劝阻。栓子假意给柳生美子打电话，要求用尤金祖孙交换刘成和女子小队的人，柳生美子现身，双方戒备，又是一场腥风血雨。
女子拆弹部队第二部剧情介绍第四十二集（大结局）童玲玲用泥人伪装成尤金祖孙俩，在他们身上安了炸弹，引爆后，拿着仅剩的穿甲弹的图纸威胁柳生美子释放刘成等，柳生美子放人后又反悔，幸亏有一名共党人员小陈在高空狙击，救了众人。日方依照图纸制造了穿甲弹样本，运走的途中，女子小队前去伏击，混战当中林海洋出现，原来他根本就是英国的间谍，前来抢夺穿甲弹的样本，关键时刻刘成化解，将穿甲弹带走，柳生美子败逃。女子小队再次告捷，冷月接受了金站长的秘密任务，瞒着众人伪装成一名共党，国军“峰计划”启动，冷月的自我牺牲退出成全和保护了薛敏和刘成，众人动容，少了冷月的女子小队，再次面临着新一轮的任务。
